使IIS支持PHP，ISAPI或CGI，FastCGI完全配置教程(最新php5.2.13配置方法)，我是比較完整的一個版本，對可能出現的問題給出了具體的解決方法.

在Windows Server 2003的IIS6下配置ISAPI方式的PHP，配置方法是，在IIS的“WEB服務擴展”中，添加一個新的WEB服務擴展，程序后綴為PHP，ISAPI程序為php5isapi.dll，然后再我的電腦->屬性->高級->“環境變量”-“系統變量”中增加變量名PHPRC，數值為php.ini的路徑，在Internet信息服務管理器中，選擇網站或應用程序的根目錄，打開目錄屬性頁(右鍵選擇“屬性”)，再選擇“主目錄”。點擊“配置”按鈕，選擇“映射”Tab頁。點擊“添加...”，在“可執行文件”設為: c:\php\php5isapi.dll，擴展名設為.php，選擇“確認文件是否存在”，然后“確定”保存設置。重啟服務器即可完成PHP的配置。

以上紅色部分不用做，因為用ISAPI配PHP，不讀系統變量(CGI方式才讀)，相關權限設置如下：
<網頁所在文件夾配置“IUSR_***”的讀權限，如果要寫的就給修改權限
PHP文件所在文件夾配置“NETWORK SERVICE”和“IUSR_***”的讀權限。
php.ini文件給“NETWORK SERVICE”讀權限
考到SYSTEM32目錄的DLL文件要給“IUSR_**”的讀取和運行權限
解壓縮 PHP 二進制壓縮包到 D:\php 目錄下
　　然后打開“我的電腦”->“屬性”->“高級”->“環境變量”->“系統變量”->“path”，編輯其值，在前面增加下面的路徑地
址：
　;D:\php;D:\php\ext(注意前面的分號)
　　將 php.ini-dist 或 php.ini-recommended 復制到 C:\Windows 目錄下，并改名為 php.ini
一般正式發布網站的服務器用php.ini-recommended 安全性高
而作為調試用的服務器用php.ini-dist 更好
當然一般情況下，這個 php.ini 還是需要根據實際情況來修改的。
　　下面來介紹一下幾個必要的修改選項：
復制libmysql.dll到System32目錄
　　extension_dir = "D:\php\ext"
　　這個是 PHP 擴展所放置的目錄，請確保跟你實際安裝的目錄相同。
設置正確的時區：
找到“date.timezone”設置成：date.timezone = PRC
以下操作選擇性的打開或關閉PHP擴展
　　extension=php_mssql.dll
　　extension=php_mysql.dll
　　　上面這些，開頭沒有加分號的是打開的擴展，加了分號的是沒有打開的擴展。
　　session.save_path = c:\sessions
　　這個是 session 文件默認保存的目錄，這個目錄必須是一個存在的目錄，不然默認的 session 功能會無效。我這里設置的是一個 ramdisk 上的一個目錄。將 session.save_path 設置在 ramdisk 上可以加快 session 處理的速度。如果你沒有安裝 ramdisk，你可以把它指定到其他盤的任何一個目錄下，如 C:\sessions 目錄、C:\Windows\Temp 目錄等。
　　OK，基本工作作完了，現在該配置 IIS 了。
　　打開“ Internet 信息服務(IIS)管理器”，在“ Web 服務擴展”里，選擇“添加一個新的 Web 服務擴展”，擴展名可填寫
“PHP ISAPI 擴展”，要求的文件選擇：D:\php\php5isapi.dll（如果安裝的是 PHP4，則此處是 C:\php\sapi\php4isapi.dll
，下同），并設置擴展狀態為允許。
　　打開“網站”->“屬性”->“ISAPI 篩選器”->“添加”，篩選器名稱可填寫“PHP”，可執行文件仍然選擇
D:\php\php5isapi.dll。
　　打開“網站”->“屬性”->“主目錄”->“應用程序設置”->“配置”->“應用程序擴展”->“添加”，可執行文件還是選擇

在用IIS整合php時，有兩種方式：ISAPI與CGI模式，這兩種方式，我們都可以看到phpinfo頁面，但是使用ISAPI模式，無法讀取環境變量，所以通過環境變量PHPRC設置的php.ini路徑無法找到。使用CGI就可以，這樣就不必把好多文件拷到系統文件下。

配置文件（PHP 3中是php3.ini，自PHP 4起是php.ini）在PHP啟動時被讀取。對于服務器模塊版本的PHP，僅在
web服務器啟動時讀取一次。對于CGI和CLI版本，每次調用都會讀取。
php.ini的搜索路徑如下（按順序）：
* SAPI模塊所指定的位置（Apache2中的PHPIniDir指令，CGI和CLI中的-c命令行選項，NSAPI
中的php_ini參數，THTTPD中的PHP_INI_PATH環境變量）
*HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\PHP\IniFilePath（Windows注冊表位置）
*PHPRC環境變量
*當前工作目錄（對于CLI）
*web服務器目錄（對于SAPI模塊）或PHP所在目錄（Windows下其它情況）
*Windows目錄（C:\windows或C:\winnt），或--with-config-file-path編譯時選項指定的位置

我在Server2003+php4的環境下遇見了這個問題，解決的方法是在前面寫PATH環境變量的時候，添加一個PHPRC，指向x:\php4\php.ini，重新啟動即可，如果實在還是不行的，最后還有一招就是安裝zend，php加速器，因為安裝zend的時候，會指定php.ini的路徑，也會指定所使用的服務器是IIS還是Apache，起本質是對注冊表做了修改，但是我不知道修改了哪個位置，所以我在上面的操作還是無效的情況下，最后安裝Zend，終于成功解決問題了。